Koufonisi è formata da due isole, Ano e Kato Koufonisi ed appartengono all’arcipelago delle Piccole Cicladi. Sono divise tra loro da uno stretto di soli 200 metri.

Geograficamente le due isole si trovano a 3 miglia Sud-Est di Naxos e ad Ovest di Amorgos. Integrata con loro è anche Keros, un’isola disabitata di 15.2 km² che ospita però importanti ritrovamenti della civiltà Cicladica.

Pano Koufonisi ha superficie di 5.7 km² e popolazione di circa 350 abitanti; la principale occupazione è la pesca e, a livello minore l’allevamento. Negli ultimi anni gli abitanti sono occupati anche nell’attività turistica.

Kato Koufonisi ha superficie di 4.4 km². Anche se nel passato ci fu sull’isola un insediamento di 10 famiglie, ai nostri giorni è quasi disabitata, ha solo alcune costruzioni utilizzate principalmente come residenze estive.